Proces uspostavljanja sistema u Republici Srbiji još uvek je u toku, tako da su do sada uključene institucije i definisane njihove nadležnosti, na nacionalnom,  regionalnom i lokalnom nivou. Za funkcionisanje ovog sistema nadležno je  Ministarstvo poljoprivrede i zaštite životne sredine koje je uspostavilo i organizacionu strukturu za FADN koja podrazumeva sledeću organizaciju:

• Nаciоnаlni оdbоr zа praćenje FADN sistema;
• Nadležno telo za organizaciju i sprovođenje FADN sistema;
• Rеgiоnаlna kооrdinаciоnа tеlа;
• Kаncеlаriје zа prikuplјаnjе rаčunоvоdstvеnih pоdаtаkа / Pоlјоprivrеdnе sаvеtоdаvnе i pоlјоprivrеdnе stručnе službе.
• Republički zavod za statistiku
• Nastavno-naučne obrazovne ustanove ( fakulteti i instituti)